Από τον 17ο αιώνα, με τη βοήθεια κληρικών, λαϊκών αλλά και φωτισμένων ανθρώπων αρχίζουν να ιδρύονται Σχολές - ανώτερες και κατώτερες - οι οποίες με τα χρόνια εξελίχθηκαν σε σημαντικά κέντρα παιδείας και φυτώρια σπουδαίων προσωπικοτήτων και δασκάλων του Γένους. Στην περιοχή της Ευρυτανίας κατά την Τουρκοκρατία, συναντούμε ανώτερες Σχολές Ελληνικών Γραμμάτων αλλά και κοινά σχολεία.
Το 1645 ιδρύεται από τον Ευγένιο Γιαννούλη τον Αιτωλό Σχολή στον περιβάλλοντα χώρο του ναού της Αγίας Τριάδος στο Καρπενήσι, όπου σήμερα λειτουργεί Πνευματικό Κέντρο με το όνομα του ιδρυτή. Πρώτο μέλημα του Ευγένιου ήταν η ανακαίνιση του υπάρχοντος ναού και η ανέγερση ειδικού κτηρίου για τη στέγαση της Σχολής. Αξίζει να σημειωθεί ότι το Καρπενήσι, την περίοδο που εγκαθίσταται ο Ευγένιος, ήταν μία ζωντανή και ακμαία κωμόπολη με κοινωνικό σύνολο που θα μπορούσε να στηρίξει το εγχείρημά του. Η ανακαίνιση του ναού και η οικοδόμηση της Σχολής στηρίχτηκε σε έρανο στον οποίο ανταποκρίθηκαν τόσο οι κάτοικοι του Καρπενησίου αλλά και οι απόδημοι Ευρυτάνες της Βλαχίας και της Πόλης.
Ο Ευγένιος διδάσκει για 16 χρόνια προσελκύοντας με τη φήμη του πολλούς σπουδαστές και καθιστά τη Σχολή του Καρπενησίου ιδιαιτέρως ονομαστή. Οι πηγές χρηματοδότησης της Σχολής (έρανοι, επιχορηγήσεις κοινού , δωρεές, δίδακτρα) αρκούσαν ώστε να καλυφθούν οι λειτουργικές δαπάνες καθώς και να εξασφαλιστεί η παροχή δωρεάν στέγασης και τροφής στους άπορους σπουδαστές.
Το πρόγραμμα διδασκαλίας της Σχολής συγκροτείται από φιλοσοφικά μαθήματα, μαθήματα της ελληνικής γλώσσας καθώς και διδαχή αρχαίων Ελλήνων συγγραφέων και πατερικών κειμένων σε μία προσπάθεια σύνδεσης ελληνισμού και ορθοδοξίας. Επίσης, οι σπουδαστές της Σχολής του Καρπενησίου έπαιρναν και ορισμένες γνώσεις ιατρικής.
Η λειτουργία της Σχολής διήρκεσε σχεδόν δύο αιώνες και δίδαξαν σε αυτή σημαντικές προσωπικότητες όπως ο Αναστάσιος Γόρδιος, ο Αναστάσιος Παντοδύναμος, ο Παπαπέτρος Ιθακίσιος, ο Χατζηπολυζώης κ.ά. Η Σχολή - όπως και η ευρύτερη περιοχή του Καρπενησίου - καταστράφηκε και λεηλατήθηκε πολλές φορές. Χαρακτηριστικές είναι οι καταστροφές της Σχολής το 1768 την περίοδο των Ορλωφικών αλλά και το Ιούνιο του 1821 με την κήρυξη της Επανάστασης.
Από τους απόφοιτους της Σχολής του Καρπενησίου πολλοί διέπρεψαν ως δάσκαλοι , ιατροί, σχολάρχες εξασφαλίζοντας προοπτική προσωπικής σταδιοδρομίας ενώ παράλληλα πρόσφεραν πολύτιμες υπηρεσίες στο πολύπαθο κοινωνικό σύνολο.